Suzume é uma adolescente de 17 anos que leva uma vida comum em uma pacata cidade no interior do Japão. Sua rotina muda drasticamente quando ela encontra um misterioso jovem em busca de "portas" que devem ser seladas para evitar catástrofes. Movida por um impulso inexplicável, Suzume o segue e acaba abrindo uma dessas portas, libertando forças sobrenaturais que ameaçam o equilíbrio do mundo.