Em um futuro próximo, Tóquio se tornou um centro global de comércio, tecnologia e imigração, mas também um lugar caótico, dominado pelo crime e pela corrupção. Nesse cenário surge o Tokyo Shinobi Squad, um grupo de ninjas modernos liderados por Jin Narumi, que utiliza habilidades ancestrais adaptadas ao mundo atual. Jin e seus aliados enfrentam missões perigosas para proteger inocentes e restaurar a ordem, equilibrando tradição e modernidade em batalhas intensas contra poderosas organizações criminosas e inimigos igualmente habilidosos.